Meedの使用法
1.虎谷さんリートベルト結果PFLSよりIobsテーブル部分を切り出してファイル化
CalcFobsForMeed.xlsに入力する。
2.reflex?.dの結果ファイルより2θ値部分をやはり
CalcFobsForMeed.xlsに入力する。
2.5.CGRAPHのスクリプトcalf.xによりPhaseを計算して
やはりCalcFobsForMeed.xlsに入力する。
3.CalcFobsForMeed.xlsのオレンジ色部分に計算結果が表示されるので
その部分をコピーする。
4.適当なエディターでMeed入力ファイル*.MEMのFobsデータの部分に
3.でコピーした部分を張り付ける。
CalcFobsForMeed.xlsの記述に従ってデリミタのタブコードをスペースに
変換する。
5.*.memの必要部分を書き換える。
・タイトル
・格子定数
・空間群
・分割数
・全電子数
・反射数 etc.
# Title ( up to 70 character )
ScRh3Bx(x=1.0) ( 1.2( A ) Powder X-ray Data by M.Tanaka )
# a b c alpha beta gamma
4.05587 4.05587 4.05587 90.00000 90.00000 90.00000
# P.O. correction
# When TORAYA & MARUMO type function is used, add 'P' option.
# IPTYP : -1 = No Correction, 0 = Plate Like, 1 = Needle Like
# POP1 POP2 IPTYP JPH JPK JPL
0.0000000 0.0000000 -1 0 0 0 P
# SPG ORG NX NY NZ
221 1 64 64 64
# Total charge lambda
161.0000000 0.0000100
# NREF1
49
# h k l Fo(R) Fo(I) sigma(F)
1 0 0 25.9900000 0.0000000 0.1040015
1 1 0 21.3247627 0.0000000 0.1462755
1 1 1 127.9330945 0.0000000 0.1781152
2 0 0 126.6260638 0.0000000 0.2044778
2 1 0 24.2616207 0.0000000 0.2272062
・
・
・
・
・
6.*.cntを書き換える。
・ファイル名
・初期電子密度の取り扱い(特に最初に注意)
・繰り返し回数
7.job.comを書き換える
*.cntのファイル名
8.バッチジョブを投入
bsub -q c job.com
Job statusをみるには
bjobs
9.等高線マップを書く
meedの出力ファイル*.denをu2x.exeにてwindows改行コードの
ファイルにする。
u2w < *.den > *2.den
VBcontourを起動ファイル、読み込みでMeed出力形式(3番)を選んで
読み込み。